红外显微镜是一种利用波长在800nm到20μm范围内的红外光作为像的形成者，用来观察某些不透明物体的显微镜。这种显微镜在生物学中的用途远远比不上紫外光显微镜。

　　红外显微镜的应用

　　1聚合物有机材料研究中的应用

　　1.1多层聚合物的测定多层聚合物材料中，每层聚合物薄膜的厚度大多数是微米级的，红外显微镜可以逐层对聚合物薄膜进行测试，特别是运用双光阑系统和Tru-View定位技术，固定出每层高聚物测试区域的准确部位，可方便地测出每层聚合物的红外光谱图。

　　1.2层压复合材料的剖析层压复合材料是由多层不同材料粘合压制而成。在建筑、产品包装等获得了广泛的应用，显微镜可以容易地得到各层材料的红外光谱图。

　　2在微区分析中的应用

　　显微红外主要特点是可以在毫克或微克级上对固体样品进行红外光谱分析，基本上是一种非破坏性的测试方式，在微区分析中可发挥重大作用。

　　2.1微小颗粒的测定

　　2.2微小斑点的测定，例如分析一块媒炭样品表面上或明或暗的不同微小斑点2.3微量污染物的测定例如在精密的电子设备中一个微小的接触点的镀层上发现一颗约1~2ng的微粒，经红外显微镜测定，可以确定物质.

　　3在生化物质研究中的应用

　　3.1对动、植物细胞组织的分子结构变化的研究非常有效

　　3.2对药物在细胞内分部情况的研究.

　　4.在珠宝行业中检测分析中的应用

　　4.1测定宝石中包裹体内水、CO2等物质

　　4.2无损测定宝石内或裂纹中的有机化合物